Ordonné prêtre en 1951, l'abbé Claude Thompson fit, en 1953, un premier stage d'études à Rome. Il obtenait en 1954, de l'Angelicum, une licence en théologie et en 1956, une licence en chant grégorien et un baccalauréat en composition de l'Institut pontifical de musique sacrée.
À son retour d'Europe, il devient directeur des Petits chanteurs trifluviens, tout en enseignant la théologie et la musique sacrée au Grand séminaire de Trois-Rivières. En 1957, il devenait maître de chapelle et organiste au séminaire Saint-Joseph. Durant cette période, il fut invité à donner plusieurs récitals d'orgue.
Un deuxième stage à Rome en 1961 permet à Claude Thompson de poursuivre l'étude de l'orgue et de compléter la scolarité d'un doctorat en musique sacrée.
En 1966, il fonde l'École des Petits Chanteurs. Cette école permet aux enfants de la chorale des Petits Chanteurs de Trois-Rivières de recevoir à la fois la scolarité régulière du 2e cycle du primaire et une formation musicale comparable à celle que donnent les maîtrises européennes.
Maître en chant grégorien il obtenait, en 1970, un doctorat en musique sacrée. En 1972, il fut l'un des membres-fondateurs de la Société Pro-Organo-Mauricie, organisme québécois visant à promouvoir les concerts d'orgue dans le plus de régions possibles.
Claude Thompson a aussi à son actif la composition d'une cinquantaine d'oeuvres chorales (messes, motets, etc.) et de quatre oeuvres majeures pour choeur et orchestre: dont la Cantate pour le 350e anniversaire de la ville de Trois-Rivières, le Magnificat pour double-choeur et orchestre (1992) et la Cantate pour une université (1994). Il a de plus harmonisé une grande quantité de chants folkloriques québécois comme étrangers.
À la direction des Petits Chanteurs de Trois-Rivières, Claude Thompson a mené cette Maîtrise en 1971, 1980 et 1987, 1990 et 1993 dans des tournées en Europe, aux États-Unis, au Nouveau-Brunswick et dans tout le Québec. Il a dirigé les Petits Chanteurs de Trois-Rivières lors d'émissions de radio et de télévision et les hautes performances de la Maîtrise lui ont valu des critiques élogieuses de la part de nombreux connaisseurs. Il a réalisé 24 productions musicales sur disques et cassettes.
Médaillé d'or du Souverain Pontife, citoyen d'honneur de la ville de Carcassonne en France et récipiendaire d'un trophée Arlequin en reconnaissance de la qualité artistique qu'il manifeste à la direction de la Maîtrise des Petits Chanteurs de Trois-Rivières, sa réputation l'a imposé sur la scène internationale comme en témoigne sa participation aux célébrations du Bicentenaire de la Révolution française, à Paris, où il reçut, du Sénat français, le grade de Chevalier de l'Ordre des Arts et des Lettres pour son engagement dans le milieu musical international francophone.
Président-fondateur de la Fédération québécoise des Pueri Cantores affiliée à la Fédération internationale, il a organisé le 27e Congrès international de ce mouvement, le premier en Amérique, qui s'est tenu en juillet 1995.
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